Трудовую деятельность начал в 1929 году, работая в системе Средазводхоза, занимал различные руководящие должности, возглавлял участок строительства гидроэлектростанции. В 1933 году окончил Ленинградский институт инженеров водного транспорта, получил специальность инженера-гидротехника по речным сооружениям.
В 1933-35 годах служил в Военно-морском флоте. В 1935-37 гг. работал в проектном институте в Ленинграде, на строительстве Черчикских ГЭС - “Чирчикстрой”. В 1937-40 гг. работал в аппарате Наркомата тяжелой промышленности СССР. В 1940-54 гг. – главный инженер, начальник проектного института в Ташкенте, главный инженер на строительстве ГЭС в Ленинградской области и на Украине.
В 1954-59 гг. П. С. Непорожний – заместитель председателя Совета Министров Украинской ССР, председатель Госстроя УССР. В 1959-62 гг. – 1-й зам. министра строительства электростанций СССР. В 1953-65 гг. – председатель Государственного производственного комитета по энергетике и электрификации СССР, министр СССР. С сентября 1965 по март 1985 года – министр энергетики и электрификации СССР.
П. С. Непорожний много сил отдавал научно-педагогической деятельности, написал более десяти книг, посвященных проблемам электрификации страны, строительству гидроэлектростанций в различных климатических условиях. Профессор (1952), доктор технических наук (1959), действительный член Академии строительства и архитектуры СССР (1955-63), а после ее расформирования избран чл.-корреспондентом АН СССР. Лауреат Ленинской премии (1958). Депутат Верховного Совета СССР 7-10 созывов.
Награжден четырьмя орденами Ленина, орденом Октябрьской Революции, Трудового Красного Знамени, “Знак Почета”, медалями.
В 1980 году П. С. Непорожнему за большую помощь в создании энергетической базы и электрификации народного хозяйства Смоленской области присвоено звание "Почетный гражданин г. Смоленска".